¿Ya nos hemos situado? Ahora estamos en el año 2032, 10 años después de que el SeaQuest desapareciera. Durante años las potencias se han disputado el océano y hay una nueva escalada militar. Al comienzo de la tercera temporada y con este planteamiento, el SeaQuest y su tripulación vuelven a la Tierra, donde nadie sabía de su paradero. Así, como un símbolo de tiempos mejores vuelven a navegar esta vez con la misión de evitar el conflicto que se avecina.

Una multinacional es el gobierno mundial en la sombra: Industrias Deon, que monopoliza casi todas las actividades económicas. El miedo y la opresión es el nuevo orden en el planeta. Además, el tiránico presidente Alexander Bourne de la poderosa Federación Macronesia amenaza con acabar con la UEO y hacerse dueña de todo el Pacifico. En la lucha de poder entre Deon y Bourne, el SeaQuest servirá de fuerza de interposición.

Larry Deon es el presidente de la corporación Deon Internacional, que rápidamente se convirtió en la mayor y más rica empresa del mundo. Según él, su filosofía se reduce a la frase Tendrá que ser amable.... o le cortaremos la luz.

Conoceremos al capitán Oliver Hudson (que sustituirá al capitán Bridger a bordo del SeaQuest), y sabremos qué ha pasado en los últimos años, siendo testigos de una intensa batalla submarina entre varios cazas de la UEO y Macronesia. Larry Deon tiene muchos negocios con Alexander Bourne, estableciéndose una relación de amistad entre ambos megalomaniacos regida por el interés personal de cada uno, aunque también hay un sentimiento de rivalidad entre los dos, desafiándose constantemente para ver quién consigue más influencia en el mundo.

El romance entre Ford y Henderson, los desamores de Hudson con Morse, Piccolo preparándose para presentarse a los exámenes de oficial, los proyectos de Larry Deon.... son sólo algunas de las historias que irán apareciendo conforme avance esta temporada de SeaQuest.